В феврале 1960 года впервые 15 глазных коек были выделены в составе хирургического отделения Адыгейской областной больницы, в которой на тот момент было всего 75 коек. В таком режиме офтальмологическая служба проработала 5 лет и в 1965 году в больнице открыто отдельное подразделение на 45 коек — офтальмологическое отделение. С 1975 года коечный фонд увеличился до 60 коек. Организатором офтальмологической службы Адыгеи, а также первой заведующей офтальмологическим отделением стала заслуженный работник здравоохранения Республики Адыгея, врач высшей квалификационной категории Коваленко Галина Ивановна. Галина Ивановна возглавляла отделение в период с 1965 по 1989 г.
С 1989 по 2001 год отделением руководила Исакова Лилия Аркадьевна, заслуженный работник здравоохранения Республики Адыгея, врач высшей квалификационной категории. Благодаря усилиям Лилии Аркадьевны в отделении появился первый операционный микроскоп, а 1998 году отделение получило более высокий статус — микрохирургии глаза. За время руководства Лилии Аркадьевны в отделении внедрены новые микрохирургические методы лечения, в том числе имплантация интраокулярных линз после удаления катаракты и непроникающая глубокая склерэктомия.
С 2001 по 2019 год отделение возглавляла врач высшей квалификационной категории, кандидат медицинских наук, отличник здравоохранения Республики Адыгея, заслуженный врач Российской Федерации, Ветеран труда Хутова Фатима Тлюстенбиевна. За это время Фатима Тлюстенбиевна внедрила множество хирургических и диагностических методов. Из самых значимых, это удаление катаракты методом бесшовной факоэмульсификации с имплантацией мягких интраокулярных линз, применение биоматериалов «Аллоплант» при различных заболеваниях глаз, интравитреальные инъекции.
С 2019 по настоящее время отделение возглавляет Тешев Адам Феликсович, врач высшей квалификационной категории.